È stata costruita nel XIII secolo, inglobando la più antica chiesa di San Matteo, della quale si hanno notizie a partire dal 1095.
Fu completamente trasformata alla fine del Settecento (1796), su disegno dell’architetto Andrea Vici, allievo del Piermarini. I lavori furono completati soltanto a metà dell’Ottocento. Riaperta al culto l’8 giugno 1856, la chiesa fu completata nel 1886, con l’allestimento dell’attuale facciata, progettata dall’ingegnere Giovanni Bertuzzi. La chiesa, oggi santuario della Beata Angela da Foligno, per secoli ha svolto la funzione di dimora dei minori conventuali, che tuttora la officiano.
L’interno, in stile neoclassico, custodisce le urne contenente i corpi della beata Angela e della beata Angelina da Montegiove.
Degna di menzione è la Cappella di San Matteo, che presenta numerosi affreschi, definiti da Giordana Benazzi “il più cospicuo gruppo di dipinti di primo trecento esistente nella città”. A partire dal lato sinistro si vedono due apostoliserafini (frammenti), figure di astanti (frammento), due santi diaconi (frammento), angelo entro cornice polilobata, due santi francescani, Crocifissione, santo vescovo. Nel vano attiguo, in comunicazione con la cappella, altri affreschi più tardi, con Estasi di una santa; Santa Caterina; Andata al calvario; San Sebastiano e San Rocco; un piccolo ciclo con Sposalizio mistico di Santa Caterina, Annunciazione (frammento), San Pietro.
Nella sacrestia è il simulacro-reliquiario ligneo della Beata Angela (XVI secolo) e inserita in una monumentale struttura in pietra una Visione di San Bonaventura del perugino Anton Maria Garbi, proveniente dall’altare maggiore dell’oratorio del Gonfalone.
All’interno del conventoSan Giuseppe da Copertino e San Pasquale Baylon, opera del folignate Enrico Mattei; Madonna col Bambino e i santi Anna, Antonio da Padova, Francesco, Chiara, Elisabetta d’Ungheria, del perugino Benedetto Bandiera, ed alcuni dipinti di epoche diverse raffiguranti la beata Angela, tra cui è degno di nota un olio su masonite, del 1932 ca., opera di Ugo Scaramucci.
Sopra il portale di accesso al chiostro, era collocata una lunetta affrescata da Pierantonio Mezzastris nel 1499, Madonna col Bambino e santi, staccato e conservato nel Museo della città.
La sistemazione attuale del chiostro risale al XVII secolo. Nella parete di sinistra dall’ingresso sono visibili elementi architettonici appartenenti alla struttura medievale della chiesa, mentre in quella di destra alcune lapidi sepolcrali.
Con il recente restauro delle lunette, affrescate nel 1688, sono riemersi, insieme alle scene illustrate, anche numerosi stemmi di famiglie gentilizie, legate alla chiesa per il giuspatronato di altari, diritto di sepoltura, acquisizione di altre benemerenze, famiglie quasi tutte residenti nell’ambito parrocchiale della chiesa tra XVII e XIX secolo.